Politiquement, l'Association RUN est pilotée par un comité directeur. Présidé par un conseiller d'Etat (Frédéric Hainard actuellement), ce comité est composé d'un représentant par groupement de communes (un conseiller communal en principe). Sur le terrain, le travail est assumé par le Bureau des agglomérations et des régions (Bar), installé à La Chaux-de-Fonds. Dirigé par Bernard Woeffray, ancien aménagiste cantonal, le Bar regroupe une dizaine d'emplois à plein temps. Il a pour tâche de concrétiser les projets RUN, y compris les projets spécifiques à chaque groupement de communes.