Les travaux ont permis de renouveler la voie ferrée sur plusieurs tronçons, d'entretenir des ouvrages d'art, de construire une voie de dépassement à Bassecourt et de poser des filets de protection. Un chantier très spectaculaire a été le remplacement du viaduc de Malvie, à flanc de coteau au-dessus de St-Ursanne.
En tout, 33 chantiers employant 450 personnes ont été menés, ont indiqué les CFF. Durant la durée des travaux, les voyageurs ont dû emprunter des bus avec un temps de parcours allongé. Comme sur d'autres chantiers, les CFF ont concentré les travaux sur la période estivale quand les affluences dans les trains étaient plus faibles.
Ces travaux avaient pour objectif d'améliorer l'offre de transport sur la principale ligne traversant le canton du Jura. Ces nouvelles infrastructures s'inscrivent aussi dans le cadre de la reprise du trafic ferroviaire entre Delle, à la frontière avec le Jura, et la gare TGV de Belfort-Montbéliard (F).
Dès le 9 décembre, les trains circuleront à nouveau entre Delle et Belfort après la remise en état de la ligne. Dix trains RegioExpress Bienne-Delle seront prolongés jusqu'à la gare TGV avec une correspondance pour Paris. Le trajet pour la capitale française depuis Porrentruy (JU) sera de 03h15.