L’UniNE a signé une convention avec la Haute école pédagogique commune aux cantons de Berne, Jura et Neuchâtel (HEP Bejune) en vue de créer une orientation "enseignement" dans le Master en mathématiques. Ce cursus accéléré en trois ans prévoit une intégration de la didactique pendant les études universitaires afin de favoriser la transition vers la HEP. Les étudiants concernés sont ceux qui se destinent à l’enseignement en école secondaire, lycée et école professionnelle.
Les deux institutions ont également signé une convention sur les compléments de formation demandés par le canton de Neuchâtel pour les enseignants et enseignantes généralistes au niveau 2 des 9e et 10e années Harmos. Les deux institutions proposent un Certificate of Advanced Studies avec six spécialisations différentes: mathématiques, français, anglais, allemand, sciences humaines et sociales, sciences de la nature. Une partie des cours est donnée en tandem, permettant ainsi d’associer les contenus académique et pédagogique.